Det första steget i systemet är importen av pappersoriginal till digital kopia, själva fakturaskanningen alltså. Fakturor kan importeras antingen "en i taget" eller från en stor fil med fakturabilder från flera fakturor. I det senare fallet görs detta i en specialiserad importdialog där man skiljer på själva fakturan och eventuella bilagor.
När bilderna går igenom skannern är det vanligt att dessa dras snett vilket kan ge upphov till sämre resultat vid avläsningen. Därför förbehandlar systemet automatiskt bilderna och rättar upp sneda bilder, samt vänder på dom om de hamnat åt fel håll. Efter detta görs optisk teckentolkning, OCR, av fakturorna vilket gör att man sällan behöver justera något i dialogen manuellt.
När bilderna är inne i systemet genomförs, som beskrivet ovan, optisk teckentolkning (OCR) av dessa. Detta innebär att systemet tolkar bilden till bokstäver, text och rader. Denna fakturatext sparas sedan tillsammans med fakturan och görs sökbar i systemet. Dessa fritextsökningar i det så kallade "fakturaarkivet" är en av de stora fördelarna med fakturaskanning.